Bibliometrische Indikatoren verleiten zu Vergleichen, die aufgrund unterschiedlicher Publikations- und Zitationskulturen in verschiedenen Disziplinen und Forschungsfeldern zu falschen Schlüssen führen können. So wird in vielen naturwissenschaftlichen Fächern mehr publiziert als in den meisten geisteswissenschaftlichen Disziplinen, noch dazu in Form von Artikeln mit zahlreichen Co-Autor*innen. Im Vergleich mit Forschenden, die häufig in Form von Monographien veröffentlichen, werden die bibliometrischen Indikatoren damit unterschiedlich ausfallen - dabei liefern diese keinen Hinweis auf die wissenschaftliche Qualität der Publikation oder die Leistung der einzelnen Autor*innen. Zudem ist das für bibliometrische Analyse verwendete Datenmaterial nicht immer vollständig, die Datenbasis beeinflusst also die Ergebnisse.

Dies ist insbesondere problematisch, da bibliometrische Indikatoren zunehmend zur Leistungsbeurteilung herangezogen werden und über die wissenschaftliche Karriere von Forschenden entscheiden können. Wenn im Zuge einer solchen Beurteilung beispielsweise die Journal Impact Factor (JIF) der Zeitschriften aller Zeitschriftenartikel aus einer Publikationsliste einer Person addiert werden, um die wissenschaftliche Leistung einer Person einzuordnen, handelt es sich um eine unsachgemäße Anwendung dieses bibliometrischen Indikators, da der Journal Impact Factor ein zeitschriftenbezogener Indikator ist und keine Aussagen über einzelne Publikationen zulässt (siehe oben). Da solche Fehlinterpretationen in der Leistungsbeurteilung keine Seltenheit sind, werden bibliometrische Kennzahlen von Förderinstitutionen, Forschenden und Initiativen zunehmend skeptisch betrachtet.